La necesidad de una acuicultura sostenible ha impulsado la investigación sobre el uso de probióticos en organismos acuáticos. El interés inicial se centró en su uso como promotores del crecimiento y para mejorar la salud de los animales; sin embargo, se han encontrado nuevas áreas, como su efecto sobre la reproducción o la tolerancia al estrés, aunque esto requiere un mayor desarrollo científico.

El crecimiento de la acuicultura como industria se ha acelerado en las últimas décadas, lo que ha provocado daños ambientales y una baja productividad de varios cultivos. La necesidad de aumentar la resistencia a las enfermedades, el crecimiento de los organismos acuáticos y la eficiencia alimentaria ha propiciado el uso de probióticos en las prácticas acuícolas. La primera aplicación de probióticos se produjo en 1986, para probar su capacidad de aumentar el crecimiento de los hidrobiontes (organismos que viven en el agua). Más tarde, los probióticos se utilizaron para mejorar la calidad del agua y el control de las infecciones bacterianas. Hoy en día, existe evidencia documentada de que los probióticos pueden mejorar la digestibilidad de los nutrientes, aumentar la tolerancia al estrés y fomentar la reproducción.